Bắt đầu từ thời Trung cổ, người Hồi giáo gọi những người dị giáo và những người chống đối Hồi giáo là zindiqs và những zindiqs sẽ chắc chắn nhận án tử hình [7]

Một số học giả và các triết gia Hồi giáo thời trung cổ như Avicenna và Averroes bị kết tội dị giáo.[8]

Nhiều tín đồ trong hai dòng chính của Hồi giáo là Sunni và Shia đã coi nhau là dị giáo. Các nhóm như Ismailis, Hurufiya, Alawis, Bektashi và Sufi cũng bị coi là dị giáo bởi nhiều người, chẳng hạn như nhóm Salafi. Dù nhóm Sufism không hoàn toàn được chấp nhận là hợp lệ bởi một số tín đồ dòng Shi'a và nhiều tín đồ dòng Sunni, phong trào gần đây của Wahhabism xem họ là dị giáo.

Trong thế kỷ 21, người Hồi giáo cải đạo (đồi sang đạo khác) vẫn thường bị đối xử rất khắc nghiệt và thường xuyên bị giết.

Trong thế thời kỳ hiện đại, ở một số quốc gia và vùng lãnh thổ mà luật Sharia được áp dụng, dị giáo vẫn được xem là một hành vi phạm tội có thể bị kết án tử hình. Một ví dụ điển hình là vào năm 1989, chính phủ Iran đã công bố một khoản tiền thưởng lên đến gần 4 triệu Đô la Mỹ cho bất cứ ai ám sát Salman Rushdie vì một số tác phẩm của ông bị chính phủ Iran liệt vào danh sách dị giáo